Şimdiye kadar Beşparmak`taki bilinen tüm prehistorik buluntu yerleri, dağların kuzey kısmındaki Malkayası´nda bulunan Karst mağarası dışında, dağların güney kısmındaki, Heraklaia ve Latmos şehirleri civarında bulunmaktadır (1). Bu buluntu yerlerinin bazıları, Bafa Gölünün verimli kıyısının sadece bir kaç metre yukarısında bulunuyor.
Dağların güney bayırındaki buluntu yerleri arasında antik şehir Latmos`un kuzeyinde bulunan İsa Mağarası vadisi ve vadinin batısındaki kayalık bayır, buluntu noktaların yoğunluğu sayesinde temayüz etmektedir (2.3). Vadide bulunan çok sayıda ve çok çeşitli taş aletleri ve seramikler, insanların bu bölgede uzunca bir süre yaşadıklarını gösteriyor. Bu süre, seramikler vasıtasıyla daha ayrıntılı bir şekilde belirlenebiliyor. Çünkü bu seramikler Malkayası mağarasından çıkan seramikler gibi (a.b.), Chios`taki Emporio`nun Bakır Çağı seramikleriyle ve özellikle de Samos`taki Kastro Tigani`ninkiler ile büyük bir benzerlik sergilemektedir ve böylece M.Ö. 5. binyılın birinci kısmına aittir. İsa Mağarası vadisinde bulunan keçi kellesi (?) ile süslenmiş bir vazo sapı ve vadinin batısındaki kayalık bayırında bulunan boyunlu amforanın Kastro Tigani´deki seramikler arasında da eşleri bulunmuştur (16-19). Bu da, seramikler arasındaki yakınlığının altını çizer. Buna göre Beşparmak, Bakır Çağı süresince doğu Ege kültür çevresinin bir parçasıydı diye düşünülebilir.
Orta Çağ`da, vadiye keşişler göçmüşlerdir. Merkezî ibadet yeri olarak içinde İsa`nın hayatından resimler bulunan büyük ve geniş bir mağara kullanırlardı (3 no. 2. 4-6). Doğudaki kayalık eteklerindeki bir boşlukta bulunan insan çehresi ile süslenmiş bir minyatür kap, mağaranın Bakır Çağı`ndan beri ritüel amaçlarla kullanıldığını gösteriyor (7.8). İki minyatür kabın daha (13-15), biri kafasında koç boynuzları taşıyan bir erkek figürünün aplike edildiği bir vazo parçası (20.21), diğeri ise ayı şeklindeki bir toprak figürü (12), adak oldukları düşünülüyor. İkisi de İsa Mağarası vadisinde, biri kaya boşluğunda, diğeri ise vadinin batısındaki kayalıkların altında bulunmuştur ve büyük bir olasılıkla burası depo edildikleri yerdir.
İsa Mağarası`nın güneyindeki “konut mağarası” (3 no. 5. 9-11), eğik duran iki büyük kaya parçasıdan oluşmaktadır. Kesit olarak üçgen biçimindeki mekânın erişimi gayet kolaydır. “Mağaranın” güneyindeki alan muhtemelen avlu olarak kullanılmıştır. Buluntuların arasında taş, obsidyen ve silisten yapılmış aletler, bir ağırşak, bir olta ucu ve çok sayıda seramik parçaları bulunmaktadır.